Contact
RDC bureau 19 bâtiment de géologie
43 rue Buffon
75005 Paris
France
CP48
57 rue Cuvier
75231 Paris cedex 05
France
Responsibilities inside unit
CSSI : correspondant en sécurité des systèmes d’information
Responsibilities outside unit
Membre du conseil du département Origines & Evolution
Collections
Participe aux tests et évolutions d'Annotate-on en particulier les liens entre Annotate-on et Xper 3.
Teaching
participe à l'évaluation des projets de l'UE SEP1-08 Méthodes de discrimination et d’identification taxinomique (3 ects)
Presentation
Présentation
- Conception et organisation de la collecte et du traitement de données issues de groupe de fossiles.
- Mise en place des bases de connaissances sur différents groupes fossiles du laboratoire et création de clés d'identification.
- Etude paléoécologique et phylogénétique des archéocyathes
- Interventions place des femmes dans les sciences
- Membre au sein du TDWG du groupe d’intérêt réfléchissant aux standards de données pour la paléontologie
Projects
Xper3 est une plateforme web dédiée à l’édition collaborative de données descriptives et à l’identification en ligne de specimens. Cette nouvelle plateforme permet aux utilisateurs de travailler simultanément à distance sur la même base de connaissances. Les utilisateurs peuvent éditer, analyser, partager leurs données descriptives et identifier en ligne. De plus, cette plateforme permet à plusieurs utilisateurs d’éditer en toute sécurité les mêmes données simultanément.
Xper3 est développé au sein du LIS, avec la participation d'un membre de l'UAR BBEES et la mienne. Je participe depuis le prototype aux réflexions et au suivi des évolutions logicielles mais aussi à la communication, aux formations autour de celui-ci et à l'alimentation du site internet qui est en cours de migration. J'ai accepté la coordination du comité de pilotage.
Xper3 est au coeur des réflexions sur la mise à disposition des descriptions des taxons et d'outils d'identification. La conséquence est une participation active autour des questions de partage de données suivant le principe FAIR (Facile à trouver, Accessible, Interopérable, Réutilisable)
En parallèle des réflexions méthodologiques et des standards de partage de données, je suis en charge de la mise en place des bases de connaissances sur différents groupes fossiles du laboratoire et la création des clés d'identification.
Exemples de bases de connaissances :
- les archéocyathes :
- Abies : base d'identification des bois de conifères
- base d'identification de dinoflagellés
Les informations complémentaires au chapitre de l'ouvrage :
- la clé d'identification : http://lesarcheocyathes.identificationkey.org/
- les réponses et une manière d'y arriver sont mises dans le caroussel juste en dessous.
Pour aller plus loin :
- Pour essayer de nouvelles identifications, des lames numérisées sont disponibles ici : collection du MNHN. Attention : les noms de genres peuvent changer au cours du temps et plusieurs genres peuvent être présents sur une même photo (comme dans l'exemple du livre). Ne pas trouver le même nom de genre que celui annoncé dans la légende des photos ne veut pas toujours dire que le résultat est faux.
- Pour se lancer dans la création d'une clé d'identification gratuitement : http://xper3.fr
- La chaine youtube
- les réseaux sociaux «grand public» :
- Les réseaux sociaux «chercheurs»
Publications
- September 2021 — Architectural Pattern: Study of Orchid Architecture Using Tools to Take Quick Measurements of Virtual Specimens. The joint use of two tools applied to plant description, XPER3 and Recolnat Annotate , made it possible to study vegetative… vol. 5, , e75752,ISSN2535-0897
- September 2021 — The 8 Years of Existence of Xper3: State of the Art and Future Developments of the Platform. The Xper3 platform was launched in November 2013 (Saucède et al. 2020). Xper3 is a free web platform that manages descriptive… vol. 5, , e74250,ISSN2535-0897
- June 2019 — Multi-Context Knowledge Base Using Calculated Descriptors from Xper3: The Archaeocyaths Knowledge Base Example. Biodiversity Information Science and Standards vol. 3, , e37083,ISSN2535-0897
- August 2017 — Three Years of Xper3 Assessment: Towards Sharing Semantic Taxonomic Content of Identification Keys. Proceedings of TDWG vol. 1, , e20382,ISSN2535-0897
- August 2017 — Desktop or Remote Knowledge Base Management Systems for Taxonomic Data and Identification Keys: Xper2 and Xper3. Proceedings of TDWG vol. 1, , e19911,ISSN2535-0897
- 2014 — The Porifera Ontology (PORO): enhancing sponge systematics with an anatomy ontology. Journal of Biomedical Semantics vol. 5, n° 39, p. 1-8,
- 2013 — « The role of Archaeocyatha in Cambrian biostratigraphy and biogeography » in Early Palaeozoic Biogeography and Palaeogeography.. , Geological Society, London, Memoirs , p. 59-66,
- 2012 — Archaeocyatha, a computer-aided identification of genera. Geologica Belgica vol. 15, n° 4, p. 209-214,ISSN1374-8505