Adeline KERNER
Ingénieur de recherche
Entité de rattachement
Analyse et traitement de données
Thème interdisciplinaire de recherche
standards de partage et bases de données, clés d’identification interactive, données FAIR
Spécialité
Paléontologie des archéocyathes, formalisation des descriptions taxonomique
Contact
Réseaux sociaux
Site(s) web
Courriel
adeline.kerner [at] mnhn.fr
Téléphone
01 40 79 39 97
Adresse(s) personnalisée(s)
RDC bureau 16
43 rue Buffon, Bâtiment de Géologie CP48, 2 allée de la Bièvre
75005 Paris
France
CP48
57 rue Cuvier
75231 Paris cedex 05
France
Responsabilités dans l'unité
CSSI : correspondant en sécurité des systèmes d’information
Administratrice : gestion de l'entrepôt data.indores de l'UMR
Responsabilités hors unité
Xper3 : Coordination du comité de pilotage
Administratrice : gestion de l'entrepôt data.indores d'Xper3
Collections
Participe aux tests et évolutions d'Annotate-on en particulier les liens entre Annotate-on et Xper 3.
Enseignements
participe à l'évaluation des projets de l'UE SEP1-08 Méthodes de discrimination et d’identification taxinomique (3 ects)
Présentation
- Conception et organisation de la collecte et du traitement de données issues de groupe de fossiles.
- Mise en place des bases de connaissances sur différents groupes fossiles du laboratoire et création de clés d'identification.
- Comité de pilotage d'Xper3 : réflexions et suivis des évolutions logicielles, communication et formation autour de celui-ci
- Membre au sein du TDWG du groupe d’intérêt réfléchissant aux standards de données pour la paléontologie
- Participation active autour des questions de partage de données suivant le principe FAIR (Facile à trouver, Accessible, Interopérable, Réutilisable
- Etude paléoécologique, stratigraphique, taxonomique et phylogénétique des archéocyathes
- Interventions place des femmes dans les sciences, déclics... principalement devant des lycéen.ne.s
Projets
Les archéocyathes
Les archéocyathes sont les premiers métazoaires constructeurs de récifs. Ce sont des organismes exclusivement cambriens et principalement Cambrien inférieur. Ils apparaissent il y a 521 millions d’années c'est-à-dire après les différentes faunes d’Ediacara mais avant celles de type Burgess. Leur répartition est mondiale. Ce sont des éponges calcifiées sans spicules dont le squelette calcaire se retrouve dans une roche également calcaire ce qui ne permet généralement pas leur dégagement. Ils sont étudiés avec des sections polies pour les spécimens les mieux conservés et en lames minces dans la majorité des cas.
- Création et mise à jour de la base de connaissances sur les genres d'archéocyathes et leur clé d'identification
- Participation à l'encadrement d'une thèse sur les archéocyathes du Maroc
- Participation à la mise à jour de la classification des archéocyathes sur l'Interim Register of Marine and Nonmarine Genera (IRMNG)
- Etudes de faunes variées
Xper 3
Crédits
© Adeline Kerner, Equipe Xper3
Xper3 est une plateforme web dédiée à l’édition collaborative de données descriptives et à l’identification en ligne de specimens. Cette nouvelle plateforme permet aux utilisateurs de travailler simultanément à distance sur la même base de connaissances. Les utilisateurs peuvent éditer, analyser, partager leurs données descriptives et identifier en ligne. De plus, cette plateforme permet à plusieurs utilisateurs d’éditer en toute sécurité les mêmes données simultanément.
Xper3 est développé au sein du LIS, avec la participation d'un membre de l'UAR BBEES et la mienne. Je participe depuis le prototype aux réflexions et au suivi des évolutions logicielles mais aussi à la communication, aux formations autour de celui-ci et à l'alimentation du site internet qui est en cours de migration. J'ai accepté la coordination du comité de pilotage.
Xper3 est au coeur des réflexions sur la mise à disposition des descriptions des taxons et d'outils d'identification. La conséquence est une participation active autour des questions de partage de données suivant le principe FAIR (Facile à trouver, Accessible, Interopérable, Réutilisable)
En parallèle des réflexions méthodologiques et des standards de partage de données, je suis en charge de la mise en place des bases de connaissances sur différents groupes fossiles du laboratoire et la création des clés d'identification.
Exemples de bases de connaissances :
- les archéocyathes :
- Abies : base d'identification des bois de conifères
- base d'identification de dinoflagellés
Paléontologie aujourd'hui : De rat de bibliothèque à pro de la souris
Les informations complémentaires au chapitre de l'ouvrage :
- la clé d'identification : http://lesarcheocyathes.identificationkey.org/
- les réponses et une manière d'y arriver sont mises dans le caroussel juste en dessous.
Lame mince d’archéocyathes (éponges fossiles) datant du Cambrien (environ –515 millions d’années) et provenant de Chine. Numéro de collection MNHN.F.M85006.
Réponses : 1 et 7 Connanulofungia ; 2, 6 et 8 Porocoscinus ; 3 Coscinocyathus ; 5 Rasetticyathus ; 9 Afiacyathus ; les autres (4, 10 à 15) : on n'a pas assez d'informations visibles pour identifier le genre, c'est ça aussi la recherche
Réponses : 1 et 7 Connanulofungia ; 2, 6 et 8 Porocoscinus ; 3 Coscinocyathus ; 5 Rasetticyathus ; 9 Afiacyathus ; les autres (4, 10 à 15) : on n'a pas assez d'informations visibles pour identifier le genre, c'est ça aussi la recherche
Crédits
© Adeline Kerner
Une manière d'identifier Connanulofungia (spécimens 1 et 7)
Crédits
© Adeline Kerner
Une manière d'identifier Porocoscinus (spécimens 2, 6 et 8)
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Une manière d'identifier Coscinocyathus (spécimen 3)
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Une manière d'identifier Rasetticyathus (spécimen 5)
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Une manière d'identifier Afiacyathus (spécimen 9)
Crédits
© Adeline Kerner
Pour aller plus loin :
- Pour essayer de nouvelles identifications, des lames numérisées sont disponibles ici : collection du MNHN. Attention : les noms de genres peuvent changer au cours du temps et plusieurs genres peuvent être présents sur une même photo (comme dans l'exemple du livre). Ne pas trouver le même nom de genre que celui annoncé dans la légende des photos ne veut pas toujours dire que le résultat est faux.
- Pour se lancer dans la création d'une clé d'identification gratuitement : http://xper3.fr
Community manager pour l’IPC5
- La chaine youtube
- les réseaux sociaux «grand public» :
- Les réseaux sociaux «chercheurs»
Publications
2021
- , septembre 2021 — Architectural Pattern: Study of Orchid Architecture Using Tools to Take Quick Measurements of Virtual Specimens. The joint use of two tools applied to plant description, XPER3 and Recolnat Annotate , made it possible to study vegetative… vol. 5, , e75752ISSN2535-0897
- , septembre 2021 — The 8 Years of Existence of Xper3: State of the Art and Future Developments of the Platform. The Xper3 platform was launched in November 2013 (Saucède et al. 2020). Xper3 is a free web platform that manages descriptive… vol. 5, , e74250ISSN2535-0897
2019
- , juin 2019 — Multi-Context Knowledge Base Using Calculated Descriptors from Xper3: The Archaeocyaths Knowledge Base Example. Biodiversity Information Science and Standards vol. 3, , e37083ISSN2535-0897
2017
- , août 2017 — Three Years of Xper3 Assessment: Towards Sharing Semantic Taxonomic Content of Identification Keys. Proceedings of TDWG vol. 1, , e20382ISSN2535-0897
- , août 2017 — Desktop or Remote Knowledge Base Management Systems for Taxonomic Data and Identification Keys: Xper2 and Xper3. Proceedings of TDWG vol. 1, , e19911ISSN2535-0897
2014
- , 2014 — The Porifera Ontology (PORO): enhancing sponge systematics with an anatomy ontology. Journal of Biomedical Semantics vol. 5, n° 39, p. 1-8
2013
- , 2013 — « The role of Archaeocyatha in Cambrian biostratigraphy and biogeography » in Early Palaeozoic Biogeography and Palaeogeography.. , Geological Society, London, Memoirs , p. 59-66
2012
- , 2012 — Archaeocyatha, a computer-aided identification of genera. Geologica Belgica vol. 15, n° 4, p. 209-214ISSN1374-8505